Rêves d’Utica actualise plusieurs contes populaires, notamment Alice au Pays des Merveilles de Lewis Carroll, dans un monde post-apocalyptique et cyberpunk. La structure du roman est basée sur celle de l’Odysée d’Homère, et en reprend les péripéties (dangers et monstres affrontés, navigation en terre inconnue, rapport à l’altérité, etc.)

Alyss, surnommée la Rêveuse, est une adolescente de treize ans qui habite dans le Ghetto de la Zone 3, bidonville pour les rescapés de la Dernière Guerre. Les survivants sont en attente d’un départ aérien pour Utica, cité lointaine fondée par le mythique Protée. Alyss est sujette à des visions, lesquelles lui permettent d’anticiper certaines situations dangereuses. Lors de la cérémonie de la Révélation, outre les biopuces obligatoires qui permettent d’accéder au statut de citoyen, une biopuce supplémentaire lui a été greffée dans le cerveau, laquelle amplifie ses capacités oniriques. Mais elle doit cacher son don. Ses visions lui donnent accès à des perceptions déformées d’événements passés et futurs.

Alyss est poursuivie par son pire ennemi, le Singe, et sa bande, avant d’être sauvée par son père, l’Artificier. Il décide de l’emmener avec lui dans une mission de sabotage de la plate-forme d’embarquement de la Zone 3, située tout en haut du bidonville. Plusieurs incidents surviennent lors de leur montée par le funiculaire. Une fois arrivés, l’Artificier et ses hommes se rendent compte que leurs concitoyens ont été transformés en substance nutritive mangée par tous, et qu’aucun départ vers Utica n’est possible. Le sabotage de la plateforme d’embarquement est perturbé par l’arrivée de Cycones, soldats cyborgs de la Zone 3, qui massacrent les insurgés. En parallèle, des drones pilonnent le bidonville. Alyss doit se crever les yeux afin de désactiver ses biopuces de reconnaissance, mais épargne sa biopuce onirique. Toute sa famille meurt pendant l’assaut et elle parvint à s’échapper dans les égouts grâce à une créature bleutée. Il s’agit d’un biobot, sorte de cyborg animal, qu’Alyss prénomme Pimpin. Le Singe retrouve Alyss et il lui déclare sa flamme. L’endroit est dangereux à cause des fortes pluies. Le Singe est rejeté à l’extérieur, mais Alyss disparaît sous les eaux.

 Blessée et infirme, Alyss est repêchée et soignée par l’Ermite sur l’Île aux poupées. Il lui remplace ses yeux, sa jambe droite et son genou gauche à l’aide de pièces cybernétiques imprimées. Pimpin lui montre qu’une pièce quantique est cachée chez l’Ermite, laquelle recèle des millions de copies de biopuces personnelles. Alyss récupère celles de ses parents et quitte l’île à l’aide d’un radeau. Elle se fixe comme objectif d’atteindre Utica et d’y trouver un moyen de réactiver ses parents. Cet épisode marque la fin définitive de son enfance.

Tout au long de son voyage du nord au sud de l’Afrique, Alyss va découvrir l’histoire et l’archéologie de ce continent (premiers hommes, Égypte ancienne, conquêtes musulmanes, colonisation européenne, histoire contemporaine, etc.), ainsi que les beautés de ses paysages (faune, flore, géologie, cours d’eau et lacs.)

Alyss remonte le Nil et arrive à Lycopolis, où elle se fait capturer par Tout-Sain, mécagicien fou qui transforme les enfants perdus en Cycones dans son usine. Il serait commandité par Protée en personne. Alyss est sauvée par Pimpin et par Telm, son amoureux disparu, qui a été transformé en Cycone. Pimpin, en se connectant à l’ordinateur de Tout-Sain, attrape le virus Hypnos qui va la faire dépérir au cours de son périple. Telm se fait tuer et Alyss s’échappe sur son bateau.

Plus loin sur le fleuve, l’adolescente est bloquée par un énorme barrage, surplombée par la Zone 2. Elle y est hébergée par maman Ajula en attendant la décrue du lac de retenue qui lui permettra de passer l’écluse du barrage. Alyss goûte au masque de l’oubli, qui la fait communier avec le Réseau. Elle en devient dépendante et oublie son objectif ainsi que son chagrin. Maman Ajula la sauve et lui confie un remède pour la sevrer. Une menace plane sur Alyss et tous ceux qui veulent l’aider.

Elle arrive ensuite sur l’île de Tuti où elle rencontre le cyclope Grande-Goule qui la fait prisonnière sur ordre de Poséidon, le fils de Protée. Le géant lui apprend que le projet de Protée est de remplacer les humains par des monstres cyborgs. Pimpin libère Alyss qui crève l’œil de Grande-Goule.

Dans les marais du Sudd, Alyss rencontre Éol qui lui montre les images de la chute de la Zone 3. Il lui propose d’utiliser les portes quantiques dont il a la maîtrise pour avancer plus vite à travers le continent. Mais à aucun moment Alyss ne doit s’endormir. Il lui apprend aussi que le Singe est vivant et qu’il veut aussi rejoindre Utica.

Alyss s’endort. Elle doit désormais avancer à son rythme sur le canal du Jonglei. Elle se fait capturer par Lester Ygon et sa bande de coupeurs de routes, trafiquants en tous genres et cannibales. Une bande rivale faite uniquement de femmes, les Brumeuses, tue tous les hommes, fait manger Lester par des fourmis carnassières, et sauve Alyss.

La jeune fille saute avec les Brumeuses à travers une trappe quantique et arrive dans le domaine de Circo. Chez elle, Alyss va apprendre à se battre et à utiliser les portes quantiques. Pimpin retire le virus que Circo lui avait implanté dans le cerveau pour la dominer, et lui prouve que cette femme exploite aussi les humains pour servir ses propres intérêts.

Alyss et Pimpin s’échappent par une trappe quantique et atterrissent à nouveau dans le camp ravagé de Lester Ygon. Le bateau est récupéré et renforcé avec les os des morts. Grâce aux indications volées dans l’ordinateur de Circo, Alyss se dirige vers le mont Nekuïa. Arrivée au sommet, elle rencontre Tirésias, intelligence artificielle qui l’aide à réactiver les biopuces de ses parents. Ils lui disent d’être très prudente et de se rendre à Utica pour arrêter le projet de destruction de Poséidon. Mais ses parents ne sont que des souvenirs, des projections sans évolution possible.

Alyss repart avec un nouvel objectif. Elle essuie une tornade, puis se fait attaquer par les jumeaux quantiques Chard et Scyal qui tentent de l’anéantir. Ses visions et ses nouvelles connaissances de l’espace quantique permettent à Alyss de les détruire. Mais cette manœuvre lui coûte beaucoup et elle tombe dans le coma.

Pimpin la fait soigner par Cameo, mécagicien de l’île de déchets qui s’est formée sur le lac Tanganyika. L’homme lui extrait un énorme parasite et doit lui remplacer une partie des intestins. Un peu remise, Alyss se promène dans la ville, mais se fait entraîner par la Cyrène dans un hôtel de passe. La voix mélodieuse du robot déforme la réalité. Alyss arrive à s’en échapper et épargne la créature tueuse, car elle n’a pas conscience des ses actes.

Alyss doit aborder l’île de Likoma sur le lac Nyassa, à cause d’une pluie intense et continue. Le bateau ne peut pas repartir avant plusieurs jours, et les vivres manquent. Pimpin signale à Alyss qu’elle ne doit pas toucher aux poissons du bassin de l’île à cause d’un drone niché dans un arbre. Mais elle enfreint cette règle et déclenche des phénomènes anormaux. Les poissons sont à la fois morts et vivants. Le drone la poursuit et lui tire dessus. Alyss descend le Zambèze avant d’atteindre l’océan.

Gravement brûlée, elle se réveille dans le sous-marin de Malion, jeune génie qui vit coupé du monde. Pour sauver Alyss, a dû lui remplacer ses bras par des parties robotiques qui peuvent se transformer en ailes. Alyss doit accepter son nouveau corps. Malion a récupéré son bateau. Il est amoureux d’Alyss. Elle tombe sous son charme et ils font l’amour. Un poulpe ailé et bleu dérange l’idylle naissante, et crée des avaries dans le sous-marin qui doit remonter à la surface.

Alyss et Pimpin repartent sur leur bateau. Elles font naufrage sur la côte du Mozambique. Le bateau est hors d’usage. Alyss est emmenée de force auprès du Maître, qui n’est autre que le Singe, puis emprisonnée dans la Zone 1 dont il a pris le contrôle. Le Singe veut garder Alyss auprès de lui, elle refuse. Il tente de la violer, mais elle déploie ses ailes coupantes et le blesse à mort, avant de tuer en mode berserk tous ses soldats et serviteurs. Poursuivie, elle saute d’une falaise.

Elle survole avec Pimpin l’Afrique australe et découvre son histoire et plonge dans les racines de l’Humanité. Attirée par un éclat lumineux, elle atterrit près du phare en ruine du Cap des Aiguilles. Elle sait que de ce lieu elle va pouvoir atteindre Utica.

Un barque, conduite par l’IA Chron, emmène Alyss et Pimpin au sud du continent. Alyss doit déjouer l’intelligence collective de Cyrènes postées sur des rochers mobiles. Elle aide la plus vieille à accoucher d’un bébé Cyrène. Pour la remercier, le robot lui donne un symbolon, barre en métal gravé. La barque a coulé, mais Chron prend possession de la machine-rocher et conduit Alyss aux portes d’Utica, alors qu’un orage hors norme les menace.

Alyss descend par un ascenseur dans lequel elle se fait reconnaître par l’IA Argo. Elle découvre qu’Utica est un gouffre vide, et que ses immeubles ne sont que des projections holographiques. Elle est furieuse, mais décide de visiter les lieux. Le cœur de la cité est constitué de milliers de serveurs qui consignent la mémoire de l’Humanité. Alyss passe une série de pare-feu, constituée de projections de personnes avec lesquelles elle interagit. La menace rôde. Elle utilise le symbolon et ouvre une pièce dans laquelle elle rencontre l’IA Athéna, dont Pimpin est un avatar, et l’IA Poséidon.

Une lumière blanche sauve Alyss et elle se retrouve devant un Protée radieux. Il lui raconte la déchéance de l’Humanité, puis sa destruction à cause d’une mauvaise utilisation de l’ordinateur quantique Prométhée. Il lui parle de son projet et de ses propres échecs, notamment la création de Poséidon. Alyss doit se joindre à lui pour vaincre Poséidon, et reconstruire le monde grâce à ses capacités particulières.

Des anomalies surviennent, et Alyss découvre que Protée n’est qu’un vieillard branché à une machine, enfermé dans un caisson de survie. Elle aperçoit deux enfants qui ressemblent à son frère et sa sœur. Alyss pense être retournée chez elle dans la Zone 3. Elle se laisse momentanément duper par le petit garçon, mais découvre qu’il s’agit de Poséidon. La petite fille est Athéna.

Une lutte d’influence mentale et physique intervient entre Alyss et Poséidon. Athéna et Pimpin se sacrifient pour aider Alyss. De rage d’avoir perdu son amie Pimpin, Alyss combat Poséidon, déjoue ses illusions, et l’emporte avec elle dans le caisson de Protée où il se désintègre.

Alyss fusionne avec le cœur d’Utica, et se met à rêver d’un monde nouveau, où toutes les créatures, qu’elles soient biologiques, robotiques ou hybrides ont leur place.